环境微生物组成立于2001年，其前身是中科院沈阳应用生态所微生物生态研究室的一部分。研究组以国家需求为导向，瞄准国际前沿，以"可持续性环境微生物过程"为主要研究内容，开展环境污染物去除、转化、循环等理论及技术研究，为生态系统的可持续发展提供科技支撑。现有工作人员6人，在读博、硕士研究生12人。
近10年来，研究组累计发表学术论文40余篇（其中SCI论文30余篇），参编中/英文专著2部，申请国家发明专利24件，获授权发明专利15件（包括1项国际专利）。多项研究成果在东北制药集团股份有限公司、沈阳颐康环境生物科技开发有限公司等企业得到转化应用，产生了显著的经济和环境效益，获辽宁省科技进步一等奖和二等奖、农业农村部神农中华农业科技进步二等奖等省市级科技奖励5项。
主要研究方向：1）污染土壤/水体中的微生物生态学及其生物修复技术；2）陆地生态系统碳、氮循环及其耦合关系的微生物过程。
主要研究内容：
1.工业废水/废弃物资源化利用中的微生物学理论与应用技术；
2.环境微生物在碳氮元素生物地球化学循环中的功能与调控；
3.环境微生物资源开发、利用与共享。